ينظم المركز المغربي للدراسات والأبحاث التربوية بالتعاون مع المعهد العالمي للفكر الإسلامي، ومؤسسات أكاديمية وجامعية مشتركة برنامجاً تكوينيا سنوياً باسم "الجامعة المغاربية للتربية"، لفائدة طلبة الدراسات الجامعية العليا، من تخصصات الفكر الإسلامي المعاصر والتربية وعلومها، الراغبين في تطوير معرفتهم وخبراتهم في موضوعات البرنامج ، ويؤطرها خبراء متخصصون.

يتم تحديد موضوع خاص بكل دورة بناء على التطورات المعاصرة التي يعرفها الحقل الفكري والتربوي وكذا على رصد حاجيات الفئة المستهدفة من مهارات التكوين والبحث العلمي.

وتستغرق مدة البرنامج أربعة أيام عمل، يتم فيها عرض ومناقشة موضوعات وقضايا في التخصصات السالفة الذكر، تتضمن من بين المواضيع المعاصرة: رؤية العالم وقضايا الإنسان والعمران، وفلسفة ومناهج العلوم، ومنهجية التكامل المعرفي بين العلوم، والبناء الفكري، ومنظومة القيم العليا، ومشاريع الإصلاح التربوي والتعليمي، وتجديد المناهج التعليمية، وبعض القضايا ذات الأولوية في مجال البحث العلمي في  علاقته عامة بالمجتمع المعاصر وغيرها.

وستنظم هذه النسخة من الجامعة سنوياً على غرار التجارب الناجحة التي ينظمها المعهد العالمي للفكر الاسلامي في كل من الولايات المتحدة الأمريكية، وبلجيكا، وجنوب أفريقيا، وتركيا، والمالديف، ونيجيريا، وماليزيا، والهند، وغيرها، بالتعاون مع جهة علمية محلية، وغالباً ما تكون جامعة رسمية.